过滤纯净水的逆渗透膜虽然去除了水中的细菌杂质，但也把水中的对人体有益的微量元素过滤掉了，长期饮用会导人体的微量元素缺乏，引起少年儿童发育不良,引起老年人的各种微量元素缺乏症。

在中国，纯水器的出水水质卫生要求应符合中华人民共和国卫生部1998年颁布《反渗透饮水处理装置卫生安全与功能评价规定》中的要求。纯水器对阴离子合成洗涤剂、氯仿、硝酸盐、氨氮、亚硝酸盐氮及细菌指标净化效果较好，特别是反渗透型（RO），除盐率高，可除去对人体健康有害或潜在的危害物质。但在纯水过程中对人体必需微量元素如：Cu、Fe、Zn、F或宏量元素S、P、Ca、Mg、Na、K也被除去，且纯水率越高，各种有益于人体健康成分损失越大。

矿泉水、纯净水从理论上说不允许添加防腐剂。对于离子全部去掉的纯净水，放几天应该不会变质，因为水里只含有氢和氧，它们都保持稳定状态的话，不会发生质变。不过，桶装或瓶装的纯净水存在打开后水质变坏的风险。瓶装水打开后，人用嘴唇含着塑料瓶口饮用，唾液会留在塑料瓶口，时间长了唾液会滋生细菌，进而让水质变坏。实际上，很多饮料都添加防腐剂，只要按标准添加就没事。